Los restos arqueológicos más antiguos encontrados en el términos municipal son algunas puntas de flecha de sílex (periodo Calcolítico) indicador de unos primeros pobladores, probablemente dedicados a la caza y recolección y de carácter nómada.

El poblado íbero de “La Moratella”, situado en un morrón cercano al pueblo (Aprox. S. V a.C.), confirma la presencia de una población consolidada y con cierta estructura social.

El origen árabe del topónimo “rafals” (paradores, alquerías o masías), coincide con la leyenda que atribuye el origen del pueblo a un grupo de masías llamadas “los rafelets”, al mismo tiempo que confirma la presencia musulmana en la zona.

Después de la Reconquista pasará a la Orden de Calatrava y pasará a depender directamente de Monroyo. En 1337 se le concede el título de villa.

El 18 de Abril de 1382 Pedro IV, estando en Valencia, concedió “mercado todos los sábados y feria desde Todos los Santos por quince días continuos”. Mercado que actualmente se sigue celebrando como Feria de Recursos Naturales y Medio Ambiente, el segundo fin de semana de Noviembre, fecha cercana a San Martín.

En la guerra Carlista en 1835 el general Cabrera atacó por dos veces la población, donde había un destacamento de urbanos de Alcoy, sin conseguir tomarla, aunque si fueron saqueadas las masías cercanas.

Durante la Guerra Civil Española (1936-1939) Se quemó el archivo municipal y los retablos e imágenes de la Iglesia de la Asunción y de la ermita de San Rafael.

En 1983 se declara la villa de Ráfales conjunto histórico-artístico.